Ha sido Director de Supervisión, Control y Seguimiento en la Dirección General de Control y Seguimiento de la Coordinación Nacional Antisecuestros de la Secretaría de Gobernación Federal
El encargado de despacho de la Fiscalía General del Estado (FGE) de Puebla, Gilberto Higuera Bernal tomó protesta a Juan Francisco Vera Ayala como titular de la Fiscalía de Secuestro y Delitos de Alto Impacto (FISDAI), en sustitución de Fernando Rosales Solís, que actualmente ocupa la titularidad de la Secretaría de Seguridad Pública (SSP).
Juan Francisco Vera Ayala, cursó la licenciatura en Derecho en la Universidad Tecnológica de México y cuenta con una amplia experiencia en la materia ya que actualmente se desempeñaba como Fiscal para el Combate al Secuestro y Extorsión, con cargo de Director General, Adscrito a la Vicefiscalía de Delitos de Alto Impacto de la Fiscalía General del Estado de Tabasco.
Además ha sido Director de Supervisión, Control y Seguimiento en la Dirección General de Control y Seguimiento de la Coordinación Nacional Antisecuestros de la Secretaría de Gobernación Federal; Coordinador General Técnico de la Fiscalía Especial para los Delitos de Violencia contra las Mujeres y Trata de Personas (FEVIMTRA); y Fiscal Especial, con cargo de Director General adjunto en la Subprocuraduría de Investigación Especializada en Delincuencia Organizada de la PGR, entre otros cargos.