En el lugar donde se levanta el templo se fundó en el siglo XVI el Convento de San Juan de la Penitencia.
La Iglesia de nuestra señora de Guadalupe, mejor conocida como de El Buen Tono, es un templo ubicado en el Barrio de San Juan del Centro Histórico de la Ciudad de México.
Fue construido a principios del siglo XX, y se caracteriza por ser el único templo del país que es referido con el nombre de un establecimiento fabril, así como por su estilo ecléctico de inspiración francesa.
En el lugar donde se levanta el templo se fundó en el siglo XVI el Convento de San Juan de la Penitencia.
En 1591 los representantes del Barrio y el Virrey Luis de Velasco II acordaron fundar un convento de monjas en una hospedería que los indígenas habían construido en la Plaza de San Juan.
Después de la aplicación definitiva de las Leyes de Reforma en 1867 el convento fue desalojado y años después en 1890 el empresario francés Ernesto Pugibet y su esposa Guadalupe Portilla compran los terrenos del convento y en 1884 Pugibet funda una fábrica de cigarros a la que da el nombre de El Buen Tono. Y es ahí donde se construye dicha fábrica.
La construcción fue encargada al ingeniero Miguel Ángel de Quevedo, quien se convirtió en el arquitecto favorito de Pugibet.
Al comenzar el siglo XX Ernesto Pugibet manda demoler el templo de San Juan de la Penitencia y le encomienda al Ingeniero Quevedo la construcción de un templo para los servicios religiosos de los trabajadores y directivos de la fábrica.
El templo fue dedicado a la Virgen de Guadalupe en honor a Guadalupe Portilla, esposa de Pugibet. En la ceremonia de consagración del 29 de enero de 1912 estuvieron presentes el Arzobispo José Mora y Del Río y Sara Pérez Romero, esposa del entonces presidente Francisco I. Madero.
Para su construcción se trajeron las linternillas y los vitrales de Francia, y el órgano fue fabricado en Reino Unido.